Das Anatomische Institut vertritt die Fachgebiete Makroskopische Anatomie, Histologie, Embryologie und Zellbiologie. Die Forschung verteilt sich auf mehrere Abteilungen (Molekulare Anatomie, Zell- und Entwicklungsbiologie, Neuroendokrinologie, Neuroanatomie und Verhalten, Funktionelle Neuroanatomie, Zell- und Neurobiologie) und Arbeitsgruppen (Uro-anatomische Forschung, Neuro-Endokrin-Immune Interaktionen, Angewandte Anatomie). Die Forschungstätigkeit am Institut spiegelt sich in den zahlreichen Publikationen, die in international anerkannten Journalen veröffentlicht wurden, in der grossen Anzahl von Kongressbeiträgen und Vorträgen sowie in der erfolgreichen Akquirierung von Drittmitteln wieder. Die Forschungsabteilungen und -gruppen sind durch gemeinsame Projekte mit zahlreichen Universitäten und Instituten in der Schweiz sowie im europäischen und aussereuropäischen Raum verknüpft.

In der Lehre steht die Ausbildung von Studierenden der Human- und Zahnmedizin im Vordergrund. Die Dozierenden des Anatomischen Institutes tragen hierbei wesentliche Anteile der Grundausbildung für das 1. und 2. Studienjahr in Form von Vorlesungen, Praktika und Seminaren. Dazu kommen Unterrichtsveranstaltungen für Studierende der ETH und der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich, deren Inhalt und Umfang in letzter Zeit deutlich zugenommen haben. Die Lehrtätigkeit erstreckt sich ferner auf die Weiter- und Fortbildung von Fachärzten. Auf diesem Gebiet hat sich das Anatomische Institut eine besondere Qualifikation durch die Etablierung von praktisch-anatomischen Operationskursen auf nationaler und internationaler Ebene erworben.